Il est acquis que la Capoeira fut élaborée par les esclaves noirs amenés par les Portugais dans leur colonie du Brésil ; ces esclaves étaient vraisemblablement des Soudanais du Libéria, du Nigeria, de Côte d'Or, du Bénin et de Guinée, et des Bantu d'Angola, du Congo et du Mozambique. En 1889, Beaurepaire-Rohan parle au sujet de la Capoeira d'une "sorte de jeu athlétique importé par les Africains". Bien plus tard, en 1960, le portugais Albano de Neves e Souza écrit : "Parmi les Mucupe du sud de l'Angola, il existe une danse du zèbre, la n'golo... La n'golo est la capoeira." Le congolais K. Kia Bunseki Fu-Kia propose un autre ancêtre : "Kipura, dans le contexte culturel du Congo, est... un individu dont les techniques de combat ou de lutte sont basées ou développées sur les techniques de combat des coqs..."
La Capoeira se serait pour certains développée dans les régions rurales du Brésil. Selon le journaliste Augusto Ferreira, elle serait née d'un "brûlant désir pour la liberté" et se serait structurée comme méthode de combat dans les quilombos, des villages bâtis hors des villes par des esclaves en fuite (Journal of Capoeira, 1968). D'autres pensent au contraire qu'elle est d'origine urbaine. Brasil Gerson note dans Histoire des rues de Rio de Janeiro qu'il y avait dans la rue Rua da Praia de D. Manoel, un grand marché aux oiseaux, où convergeaient les esclaves portant les poules sur leur tête dans des "capoeira" (panier). Selon Gerson, la Capoeira "était née des passe-temps des esclaves sur ce marché". Cette hypothèse fut par la suite adoptée par le linguiste brésilien Antenor Nascentes, qui écrivit : "Le esclaves qui venaient vendre sur le marché des capoeiras de poules se distrayaient en jouant à la capoeira, en attendant l'ouverture du marché. Comme une métonymie res pro persona, le nom de la chose passa à la personne qui lui était liée."
Le sociologue Waldeloir Rego, dans son Capoeira Angola (1968), donne son avis sur la question : "Ma thèse est que la capoeira fut créée au Brésil, à partir d'une série de mouvements et de rythmes communs à tous ceux qui la pratiquaient... Soucieux de son amélioration, ses inventeurs et leurs descendants la modifièrent en y introduisant de nouveaux mouvements et toques [rythmes du berimbau>- en en transformant certains et en en supprimant d'autres... Ce processus se fit dans le temps et parallèlement au développement social et économique de la communauté qui pratiquait la capoeira, reléguant ainsi beaucoup de mouvements et de rythmes au royaume de l'oubli."
Selon Nestor Capoeira (Fundamentos da Malicia, 1992), "les combats, les danses, les rythmes et les instruments de musique de différentes ethnies africaines ne fusionnèrent pas pour 'échapper aux interdits ou tromper les seigneurs blancs' ; cette synthèse se fit, après 1830, en accord avec une tendance générale de la communauté noire à substituer au combat armé, impossible à gagner, la conquête de l'espace et du territoire à travers la culture. Et le jeu de la capoeira n'eut pas un centre de dispersion exclusif mais proliféra spontanément sous différents formats et en divers endroits, matérialisant au Brésil, entre 1830 et 1930, un certain archétype existant dans l'inconscient collectif noire."
La Capoeira prit au cours de son histoire diverses formes, qu'on connaissaient sous les noms de Vadiaçao (qui fait référence aux notions de jouer, de ne rien faire), Malandragem (qui fait référence aux activités des vagabonds, à la ruse, à la fourberie), Capoeiragem, ou tout simplement Capoeira. Selon des rapports de police et divers chroniqueurs, des capoeiristas était en effet parfois impliquée dans des activités criminelles ou des incivilités. Il est en tout cas certain que la Capoeira fut un moyen de survie pour les esclaves, les noirs libres et des vagabonds.
A Rio de Janeiro et à Recife, les capoeiristas se regroupaient en bandes nommées maltas, qui s'affrontaient en de sanglants combats lors des festivités religieuses ou des rassemblements politiques, au grand mécontentement de la population. A Bahia, ces regroupements étaient beaucoup plus rares. Cela s'explique peut-être par les différentes influences que subirent les formes de Capoeira selon la zone géographique. On pense par exemple que la Capoeira de Rio de Janeiro reçut l'influence culturelle de l'Europe ; l'historien Melo de Morais Filho, à la fin du 18e siècle, l'associa ainsi à des pratiques athlétiques telles que la Savate française, le Jogo do Pau, la boxe anglaise ou même l'aviron !
En 1889, un an après l'abolition de l'esclavagisme, le Brésil obtint son indépendance. Les dernières années de la monarchies furent marquées par des conflits opposant républicains et monarchistes. Ces derniers, pour protéger la reine Isabelle, créèrent une Garde Noire (guarda negra) chargée de sa protection ; cette garde, composée de noirs et de mûlatres dévoués à la reine qui avait abolit l'esclavage, luttèrent contre les républicains jusqu'à la fin de la Monarchie.
On peut supposer que certains des membres de la Garde Noire pratiquaient la Capoeira, ce qui ne fut pas sans renforcer la volonté des républicains de mettre un terme aux activités des capoeiristas. L'article 402 du nouveau code pénal était le suivant : "Pour avoir effectué dans les rue ou sur les places publiques des exercices d'agilité et de dextérité corporelle connus sous le nom de Capoeiragem; pour courir avec des armes ou des instruments capables d'infliger des blessures corporelles, pour provoquer du tumulte, effrayer les personnes,ou inciter la peur ou les mauvaises actions; Sentence - emprisonnement pendant deux à six mois."
La Capoeira de Bahia émergea à cette époque. Elle se caractérisait par ses aspects spirituels : accompagnement de chansons aux mélodies et paroles africaines, goût du jeu et de la théâtralité. Cette évolution était peut-être due à une tendance à dissimuler les aspects les plus guerriers, soumis à la répression policière, de cet art. On sait en effet que de grands capoeiristas commencèrent à éviter les exhibitions de rue trop voyantes.
Manuel dos Reis Machado, dit Bimba (1889-1974) était une figure de la Capoeira. Il prônait une pratique dure, et n'hésitait pas à défier ses contemporains. En 1936, il inscrivit officiellement son école de Capoeira, la Centro de Cultura Fisica Regional, au Bureau de l'Education, de la Santé et de l'Assistance Publique de Bahia, ce qui oeuvra en faveur d'une plus grande tolérance envers les modes d'expression afro-brésiliens. Le style de Bimba devint peu à peu connu sous le nom de Capoeira Regional. Il se caractérisait par un entraînement qui s'appuyait sur un programme d'enseignement et des méthodes bien définis, et qui s'effectuait au sein d'une école close.
Suivant l'exemple de Bimba, Vicente Joaquim Ferreira Pastinha fonda en 1941 le Centro Esportivo de Capoeira Angola, qui fut officiellement établi en 1952 à Largo do Pelourinho. Avec la Capoeira Regional, la Capoeira Angola devint un style majeur de Capoeira.
